Precizno, godina gradnje džamije Pačadži hadži Nesuh se i ne zna. Alija Bejtić je mišljenja da je ona najkasnije sagrađena u prvoj polovini sedamnaestog stoljeća. Dok Mehmed Mujezinović navodi mišljenje da je džamija sagrađena nešto prije 1602. godine, jer se te godine prvi put pominje Mahala hadži Nesuhova koja je identična sa Mahalom Pačadži hadži Nesuha.
Džamija se nalazi na sjeverozapadnom dijelu Sarajeva, preciznije, u dijelu grada koji se danas zove Stara Breka, Bardakčije ili Podhrastovi. U srednjem vijeku ovaj dio grada zvao se Radilovići, tek 1556. g. pojavljuje se naziv Brdakčije. (Mada je ispravno kazati Bardakčije, zbog bardaka i vode koja je bila blizu džamije, a ne Brdakčije zbog brda). Što se tiče ovih imena džemata ili dijela grada gdje se džamija nalazi, koji god se termin upotrijebi (Stara Breka, Bardakčije ili Podhrastovi) za toponimsko označavanje džamije neće se pogriješiti. Jer, Breka je ulica koja siječe džemat horizontalno, to je zapravo i današnja adresa džamije, Bardakčije su ulica koja siječe džemat vertikalno i slijeva se strmoglavo u Bjelave, dok je naziv Podhrastovi za taj dio grada ostao, jer nekada je u tom gornjem dijelu džemata bio veliki hrastov gaj. Danas od hrastovog gaja ostalo je samo ime i sjećanje. Također i bolnica za plućne bolesti, koja pripada Kliničkom centru Univerziteta Sarajevo nosi ime – Bolnica za plućne bolesti Podhrastovi.
Dakle, manje od pet stoljeća egzistira u ovoj mahali džamija koja je utemeljena benevolencijom njenog utemeljitelja Pačadži hadži Nesuha, koji je snagom svoje dobre volje i jake vjerske svijesti investirao u vakuf. Iz samog pridjeva/prezimena osnivača džamije vidi se da je njen utemeljitelj spadao među sitnije naše obrtnike, kao i to da je obavio hadž. Hadži Nesuh pravio je i prodavao pače, tradicionalno jelo od nogu sitne stoke. Po tom njegovom atributu, a i po zadužbini koju je ostavio iza sebe, vidi se da je to bio čovjek koji je marljivo radio i pošteno zarađivao imetak, te ga investirao u dobrotvorne svrhe. Inače, o njemu za sada ne znamo mnogo. U jednoj presudi sarajevskog šerijatskog suda iz 1890. godine, vakif hadži Nesuh spominje se pod punijim imenom: Pačadži hadži Mustafa Nesuh efendi.
U nekim kasnijim ispravama spominje se da je vakif Pačadži hadži Nesuh, za potrebe svoje džamije, uvakufio i nekoliko komada zemljišta (vrtova) u Hubjaraginoj mahali (Medreseta), koji se i spominju kao vakuf ove džamije.
U strašnom i katastrofalnom požaru kojeg je 1697. godine priredio Sarajevu austrijski vojskovođa princ Eugen Savojski, i u kojem je žrtvom postalo cijelo Sarajevo sa 101 džamijom i drugim javnim ustanovama, izgorjela je i ova džamija. Iz sredstava vlastitog vakufa džamija se nije mogla obnoviti, te će tri godine kasnije u njen opravak i ponovnu izgradnju investirati džematlija ovog džemata izvjesni hadži Mustafa.
Godina 1764., po miladu, je posebno interesantna. Ona, zapravo, korespondira hidžretskoj 1177. godini. A ove je godine, kako navodi markantni Mula Mustafa Bašeskija u svom poznatom „Ljetopisu“ („Medžmua“), izvjesni Mula Muharem Vilajetović zasadio lipu pokraj Pačadži hadži Nesuhove džamije. Bašeskija je između sedam, osam stavki koje je zabilježio za tu godinu u svom „Ljetopisu“, zapisao i ovu dobru gestu mula Muharema. Alija Bejtić navodi podatak da je familija Vilajetović dala i najviše imama za džamiju Pačadži hadži Nesuh.
Jedan od „upamćenijih“ potomaka Vilajetovića je i čuveni Hadži Lojo, koji je, između mnogih drugih, 1295. h. godine okupio mnogobrojne ljude, raju i pružio značajan otpor austrougarskom okupatoru. Bitno je napomenuti da je njegov otac Mula Abdaga Vilajetović polovinom 19. stoljeća bio imam ove džamije. Također, u haremu džamije postoje, između ostalih, i dva „stara“ mezara, a radi se o dvojici džematlija ovog džemata koji su poginuli upravo te godine (1295.h.) u borbama sa austrougarskim okupatorom na ulicama Sarajeva. Jedan je mezar merhuma Palice Abdulaha, sina Salihova, dok je drugi merhuma Mehmed-age Sokolića, sina hadži Ibrahimovog.
Godine 1792., ova se džamija ponovno popravljala. Ovog puta iz imetka sarajevskog dobrotvora h. Mehmedage Subašića iz Kučuk-katibove mahale (Nadmlini).
Tako je džamija u svome ruhu i maniru i sudbini sarajevskih džamija egzistirala do osamdesetih godina prošlog stoljeća, kada su džematlije ove džamije, zbog dotrajalosti, staru džamiju porušili i na njenom mjestu, u većim dimenzijama (stare dimenzije džamije su bile: 7,50×7,50 m, a dok dimenzije nove džamije su: 15×10 m,) sagradili novu džamiju, sa novim arhitektonskim rješenjima i formama. Munara je ovaj put betonska, za razliku prijašnje drvene. Naravno, ni taj objekat neoštećeno nije trajao dugo, jer u agresiji na BiH 92-95., pored mnogobrojnih sitnijih udara metaka, malih projektila i gelera, džamija je 92. godine pretrpjela i dva izravna tenkovska, pancirna pogotka. Od tog udara sasvim je bio porušen čeoni zid džamije i mihrab koji je u sklopu tog zida. Ostali dio džamije je bio značajno devastiran. Do kraja agresije, na pola džamije je bila najlonska pregrada, jer je taj prednji dio džamije bio totalno neupotrebljiv zbog devastacije.
Odmah poslije završetka neposrednih ratnih dešavanja i potpisivanjem Dejtonskog mirovnog sporazuma, sredstvima Visokog saudijskog komiteta, džamija je renovirana i cjelokupni prostor džamije je vraćen u potpunu vjersku upotrebu. Ovih posljednjih godina, benevolencijom naših dobrih džematlija, džamija je dobila novu termofasadau, promjenjena je krovna konstrukcija, oluci, i druga limarija, uvedeno je centralno grijanje u čitavoj džamiji, mekteb je već odavno kompjuterizovan i solidno opremljen, izdvojena su sredstva iz općinskog budžeta da se na ljeto 2009. godine u potpunosti zamijeni džamijska stolarija, tako da danas džamija odiše svježinom, urednošću i izrazitom funkcionalnošću. Harem džamije je uredno ograđen visokom betonsko-željeznom ogradom, trava se redovno šiša, itekako se vodi računa o eksterijeru itd.
Danas džamija Pačadži hadži Nesuh ima stalnog imama, u njoj se klanja pet dnevnih namaza, džuma namaz, mektepska nastava se redovito izvršava prema planu i programu Rijaseta IZ-e, teravije se klanjaju, mukabele uče i izvršavaju mnoge druge vjerske aktivnosti koje su predviđene za džamijski prostor. Imam je dugo godina bio mr. Muhamed-ef. Velić, a trenutni imam je hafiz Vedad-ef. Kasumović.
